在充裝分子篩前，要檢查篩床不能有漏分子篩的問題，否則要進行處理。罐內不能有油及其他雜物；參加充裝的人員不能穿有帶釘子的工作鞋，以免踩壞篩床；要穿干凈的、不能有油的工作服。在中間部位要做幾個標準高度標記，先檢查環室，并充裝鋁膠達到標準高度，然后充裝分子篩。因分子篩用量大，一般不同窯次生產出的分子篩有些差別，所以，要將同一批窯的分子篩均勻地對兩個分子篩罐進行平均充裝。充裝完成后先用扒平機構扒平，檢查分子篩充裝是否達到標準高度(環室內已被分子篩埋在下面)。再次對分子篩進行扒平工作，直到篩床上的分子篩平整，沒有凹凸問題。檢查無問題后可認為充裝工作結束。

對有器外活化條件的用戶，分子篩裝填按下述步驟進行：
1)首先將準備裝填的分子篩徹底活化、待填；
2)拆開準備裝填分子篩的純化器頂部的空氣進口管和過濾管；
3)把經活化后的分子篩裝入器內，裝滿為止，并注意記下裝填分子篩的數量。為了裝填密實，可用木錘在筒體的封頭上敲擊；
4)分子篩裝完后，再裝回管路、過濾管和閥門。并應注意：連接法蘭的螺釘應均勻、對稱地擰緊；閥門需經脫脂后裝好填料；氮氣加溫閥的填料還應采用耐高溫的膨脹石墨或石棉線。

對沒有器外活化條件的用戶，可將分子篩篩去粉末后直接入裝純化器內，裝填步驟和注意事項與上述2)、3)、4)相同，所不同的僅在于對新換上的分子篩，在裝置內還有待進行再生后才能使用。